Mikkel är född och uppväxt i danska Værløse strax utanför Köpenhamn och började spela fotboll i Værløse IF innan han värvades till ungdomssektionen hos Brøndby IF.
Han flyttades upp i A-truppen säsongen 1996/1997 och debuterade i ligan med ett inhopp hemma mot Vejle BK (2-0) den 20 april 1997. Genombrottet fick han säsongen 1998/1999 då han även debuterade i europeiska cupsammanhang. Närmare bestämt den 12 augusti 1998 borta mot slovakiska 1. FC Kosice (2-0) i kvalet till UEFA Champions League 1998/1999. Han gjorde sedan tre inhopp i gruppspelet i första omgången mot FC Bayern München (2-1), FC Barcelona (0-2) och Manchester United FC (2-6).

Mikkel debuterade i U21-landslaget i en vänskapslandskamp borta mot Schweiz (2-3) den 5 augusti 1997 och han spelade totalt 22 stycken U21-landskamper till och med december 1999.

Under hans tid i Brøndby spelade Mikkel totalt 88 liga- och 17 europacupmatcher. Laget blev danska mästare 1996/1997, 1997/1998 och 2001/2002. Däremellan slutade de tvåa 1998/1999, 1999/2000 och 2000/2001. De kvalade till UEFA Champions League de fem första säsongerna och lyckades ta sig till första gruppspelet 1998/1999. Övriga sex säsonger spelade de i UEFA-cupen.

När Michael Laudrup tog över som huvudtränare sommaren 2002 hamnade Mikkel i frysboxen och han lånades ut till FC Midtjylland den sista augusti och debuterade i ligan med ett inhopp hemma på Ikast Stadion mot AGF (1-2) den 15 september, första matchen från start spelade han veckan efter borta mot sin gamla klubb Brøndby IF (0-4). Han spelade också fyra UEFA-cupmatcher säsongen 2002/2003 när FC Midtjylland vann mot kroatiska NK Varteks i första omgången (1-0,1-1) men åkte ut mot belgiska R.S.C. Anderlecht i andra rundan (1-3,0-3).

Han var tillbaka i Brøndby i december 2002, provtränade med Hammarby på Malta i slutet av januari 2003 och värvades till Stockholm i februari. Debuterade gjorde han i den allsvenska premiären hemma på Söderstadion mot IF Elfsborg (3-0) den 7 april.

I Bajen utmärkte sig Mikkel tidigt som en ledare och pådrivare och blev snart oerhört viktig i rollen som defensivt ankare på mitten. Snart blev han lagkapten och självklar i startelvan. Sommaren 2006 kom hans första stora bakslag. I en Svenska Cupenmatch mot Helsingborg skadade han knäleden illa, och han blev borta resten av säsongen.
Rehabiliteringen har gått sakta framåt, och 2007 satsar han på att vara tillbaka i gammalt gott slag.

Mikkel är en defensiv mittfältsgeneral, en passningsskicklig balansspelare med ett bra skott.